De eerste christelijke invloed in het huidige Indonesië begon met de komst van de Portugezen. Begin zeventiende eeuw werd de VOC opgericht. De Nederlanders die naar de kolonie kwamen waren vooral protestant. Missionarissen speelden een belangrijke rol in het verspreiden van het christelijke geloof: zij stichtten kerken, scholen en ziekenhuizen. Vooral op de eilanden Flores, Sulawesi en Timor was het christendom wijdverspreid onder de Indonesische bevolking. Vaak werden vormen van bijgeloof of andere tradities gemixt met het geloof, waardoor variaties ontstonden. Vandaag de dag zijn Indonesiërs voornamelijk islamitisch: slechts 10% is christelijk.
