In 1605 veroverde een VOC-vloot onder Steven van der Hagen het Portugese fort op Ambon. Met die militaire overwinning begon niet alleen een nieuw economisch tijdperk — de VOC zou het specerijmonopolie op de Molukken opeisen — maar ook een religieuze omwenteling. Portugese katholieke priesters werden verdreven, en de VOC begon de protestantse kerk te vestigen onder de Ambonese bevolking.
De strategie was doordacht. De zeventiende-eeuwse geschiedschrijver Ridjali, zelf een Ambonees, legde de vroege Hollandse aankomst vast in zijn kroniek Hikayat Tanah Hitu. De VOC koesterde de protestantse Ambonezen: er kwamen christelijke dorpsscholen, bemand door Ambonese schoolmeesters die van stichtelijke leermiddelen werden voorzien. Dat systeem had een praktisch bijeffect: het alfabetiseerde een aanzienlijk deel van de bevolking. Daarmee kregen christelijke Ambonezen een structurele voorsprong in het koloniale staatsapparaat.
Al in de zeventiende eeuw werden Ambonese soldaten gerekruteerd voor de bewaking van VOC-handelsposten. In de negentiende en twintigste eeuw werd die militaire traditie geïnstitutionaliseerd in het KNIL: het Koninklijk Nederlands-Indisch Leger. Molukse mannen, overwegend van Ambon en omliggende eilanden, dienden generatie na generatie als beroepsmilitair. Ze stonden bekend om hun discipline en vechtlust, en hun positie in het koloniale leger was hecht. De loyaliteit aan de Nederlandse Kroon werd in Ambonese kringen breed gevoeld en was religieus geankerd: het protestantse christendom, de Nederlandse school en het militaire dienstverband waren voor velen onlosmakelijk verbonden.
Die geloofsloyaliteit had echter een prijs. Toen in 1945 de Indonesische onafhankelijkheid werd uitgeroepen en het KNIL werd ontbonden, kwamen Molukse soldaten in een onmogelijke positie terecht. Het Indonesische leger was overwegend Javaans en islamitisch, een gezagsvorm waar veel Ambonese christenen diep wantrouwig tegenover stonden. Op 25 april 1950 riepen Molukse leiders op Ambon de Republiek der Zuid-Molukken (RMS) uit. De Indonesische overheid reageerde met een militaire invasie; de RMS-staat was na enkele maanden militair verslagen.
In 1951 werden de resterende KNIL-soldaten — zo’n 12.500 mensen met hun gezinnen — op dienstbevel naar Nederland gebracht. Ze kwamen aan in Rotterdam als tijdelijke gasten, zo was de boodschap. Ze zijn er nooit meer vertrokken.
