Op 27 december 1949 droeg Nederland de soevereiniteit over aan de Republiek Indonesië. Maar één gebied bleef buiten die overdracht: het westelijke deel van Nieuw-Guinea, ruim 400.000 vierkante kilometer bergachtig regenwoud en moeras, bewoond door naar schatting 300.000 mensen, overwegend Melanesische Papoea’s die weinig gemeen hadden met de Javanen die de nieuwe republiek domineerden. Dertien jaar lang zou Nieuw-Guinea het brandpunt vormen van een slepend conflict tussen Nederland en Indonesië en aan het einde werden de Papoea’s over wier lot het ging, niet gevraagd.
De motivaties van Nederland voor het vasthouden aan Nieuw-Guinea wisselden. Aanvankelijk was het een onderhandelingspion: Nederland hoopte het te kunnen gebruiken om betere voorwaarden voor vertrokken Nederlandse onderdanen en bedrijven te bedingen. Later werd het argument dat de Papoea’s ‘klaargestoomd’ moesten worden voor zelfbeschikking; een redenering die koloniale logica recycelde maar in de context van de Koude Oorlog ook internationale steun genoot. Nederland richtte een Papoea Vrijwilligers Korps op, startte een bestuursopleiding, en beloofde een toekomst als onafhankelijk Papoea-Nieuw-Guinea. Papoea-leiders als Nicolaas Jouwe lobbyden bij de VN voor erkenning.
Ondertussen steeg de spanning. Soekarno voerde een konfrontasi-politiek: diplomatieke druk, propaganda, en vanaf 1958 toenemende militaire infiltraties. Nederland stuurde marineschepen en verhoogde de troepensterkte tot circa 10.000 militairen. In 1961 werd een nieuwe Papoea-vlag gehesen — de Morgenster — en een volkslied aangenomen. Begin 1962 dropen Indonesische parachutisten af boven de jungle; er vielen gevechten. Nederland verloor meer dan 100 militairen in de totale periode 1950–1962.
Maar de geopolitiek was beslist. De VS, die Nederland aanvankelijk had gesteund, vreesden dat een openlijk conflict Soekarno in de armen van de Sovjet-Unie zou drijven. President Kennedy drukte beide partijen terug naar de onderhandelingstafel. In augustus 1962 werd in New York het Plan-Bunker gesloten: Nederland droeg het bestuur over aan een tijdelijke VN-administratie (UNTEA), die het op 1 mei 1963 overdroeg aan Indonesië. De naam werd West-Irian, later Irian Jaya, later Papua en West-Papua.
De Papoea’s werden niet geconsulteerd. Een Nederlandse diplomaat herinnerde zich later een cocktailparty in New York, een week voor de ondertekening: Papoea-vertegenwoordigers probeerden er nog iets te redden, maar de beslissing was al gevallen. ‘Wij geneerden ons tegenover hen.’
