De islam bereikte de Indonesische archipel via Arabische en Maleise handelaren, vermoedelijk al in de dertiende en veertiende eeuw. Tegen de tijd dat de Nederlanders in de zeventiende eeuw voet aan wal zetten, was de islam op grote delen van Java en Sumatra diep geworteld. Die religiositeit was voor het koloniale bestuur van meet af aan een bron van zorg. De islam bood, zo bleek telkens, een vocabulaire voor verzet.
De relatie tussen het koloniale gouvernement en de islam was fundamenteel ongemakkelijk. De islam vormde al vroeg een bron van inspiratie om in verzet te komen tegen de vreemde overheersing. Sociale omstandigheden, religieuze motieven en politieke verlangens creëerden een spanningsveld dat zich herhaaldelijk ontlaadde in opstanden, zoals de Padrioorlog op Sumatra (1821–1837) en de Atjehoorlog (1873–1904). Het gouvernement hanteerde formeel het beginsel van scheiding tussen kerk en staat, maar dat principe verbarg vooral een angst: dat islamitische mobilisatie de koloniale orde zou ondermijnen. Huygens Instituut
In die context speelde de pesantren een cruciale rol. Op Java bestonden voor de komst van het koloniale onderwijs al duizenden pesantren — islamitische scholen waar leerlingen intern woonden, Arabisch leerden, de Koran bestudeerden en werden gevormd in religieuze en morele waarden. De pesantren stond buiten het koloniale systeem en creëerde daarmee een ruimte die het gouvernement moeilijk kon controleren. Leerlingen die er doorheen kwamen, beheersten een denkkader dat zich weinig aantrok van de koloniale gezagshiërarchie.
Een illustratief voorbeeld is Haji Mohammad Misbach (Surakarta, 1876 – Boven-Digoel, 1926). Misbach groeide op in een koopmansfamilie in het Kauman-kwartier van Solo, werd gevormd in de pesantren-traditie en leerde later ook op een koloniale bumiputra-school. Die combinatie van islamitisch geloof én moderne politieke vorming maakte hem tot een van de meest radicale antikoloniale stemmen van zijn tijd. Hij sloot zich aan bij de Sarekat Islam, de massabeweging die na 1912 uitgroeide tot de eerste grote organisatie die de Islam combineerde met economisch en politiek verzet. Later bewoog Misbach richting de rode vleugel van de beweging en combineerde islamitische gerechtigheidsidealen met socialistische analyse. Hij verzorgde dagbladen, gaf lessen en beschuldigde zowel de koloniale overheid als de Javaanse priyayi-elite van uitbuiting. Het gouvernement verbande hem uiteindelijk naar Boven-Digoel op Nieuw-Guinea, waar hij in 1926 overleed.
Misbach was geen uitzondering maar een exponent van een bredere dynamiek. De hadj naar Mekka, die steeds meer Indonesiërs in de negentiende en twintigste eeuw maakten, bracht pelgrims in contact met islamitische denkstromingen van buiten de archipel: pan-islamisme, modernisme, anti-imperialisme. Teruggekeerde hadji’s werden door het koloniale bestuur structureel gewantrouwd. Vanaf 1871 kon de gouverneur-generaal terugvallen op een adviseur voor inlandse zaken, die onder meer toezicht hield op islamitische organisaties en het netwerk van ulama’s.
Het is de spanning tussen een koloniaal bestuur dat de islam wilde depolitiseren en een religieuze gemeenschap die haar geloof als kader voor gerechtigheid zag die de islamitische pesantren tot een onwaarschijnlijk maar reëel centrum van antikoloniaal denken maakte.
